实验动物中心位于南京中医药大学仙林校区，隶属学校科学技术处，是面向全校教学和科研的综合性公共服务平台。主要承担校内动物实验规范化管理、动物实验伦理审查、实验人员培训、实验动物教学等工作。现有在职员工17人，高级职称2人，中级职称6人，博士研究生2人，硕士研究生12人。

中心现有动物设施建筑面积约3800m²，其中屏障设施约2000m²，普通设施约1800m²，中心共有笼位数小鼠2500笼，大鼠800笼，兔子120笼，豚鼠120笼。年饲养小鼠2万余只，大鼠8000余只，接纳各类科研项目150项左右，审核实验动物伦理项目近1000项。

设施具有江苏省科技厅颁发的《实验动物使用许可证》（SPF大小鼠屏障环境SYXK(苏)2023-0077；犬、兔、小型猪和豚鼠SYXK(苏)2023-0076）。2018年中心被增设为江苏省实验动物专业技能培训点。2020年中心通过美国卫生与人类服务部（DHHS）国立卫生研究院（NIH）实验动物管理办公室的OLAW（Office of Laboratory Animal Welfare）认证（F20-00470）。中心2022年被江苏省科技厅授予“江苏省实验动物工作成效突出集体”荣誉称号。